不过壬辰倭乱之后,杨应龙仗着在在壬辰倭乱中出过力,又开始膨胀,和地方上龃龉不断,小冲突屡屡发生,但好在始终没有酿成大的冲突,不过还是引起了朝廷的担心,尤其是在水西和永宁两地土司也开始蠢蠢欲动时,就更让朝廷感到不安了。